Ανήκοντας στη θρησκεία της Αρμενικής Αποστολικής Εκκλησίας, ο Αϊβαζόφσκι δημιούργησε μια σειρά από πίνακες με βιβλικά και ιστορικά θέματα.
Το 1862, ο Aivazovsky έγραψε δύο εκδοχές του πίνακα «Η Μεγάλη Πλημμύρα» και στη συνέχεια κατά τη διάρκεια της ζωής του επέστρεψε επανειλημμένα σε αυτή τη βιβλική ιστορία. Μια από τις καλύτερες εκδόσεις του πίνακα The Great Flood γράφτηκε από αυτόν το 1864.
Είναι η θάλασσα που εμφανίζεται συνήθως σε αυτόν ως παγκόσμια βάση της φύσης και της ιστορίας, ειδικά σε οικόπεδα με τη δημιουργία του κόσμου και της πλημμύρας. Ωστόσο, οι εικόνες της θρησκευτικής, βιβλικής ή ευαγγελίας, της εικονογραφίας, καθώς και της αρχαίας μυθολογίας, δεν μπορούν να θεωρηθούν μια από τις μεγαλύτερες επιτυχίες του.
Η δημιουργική ατομικότητα και η κοσμοθεωρία του μεγάλου θαλάσσιου ζωγράφου, με τις εθνικές του ρίζες, τον συνέδεσαν με τον Αρμενικό πολιτισμό κατά τη διάρκεια της ζωής του. Το βιβλικό βουνό Ararat – ένα σύμβολο της Αρμενίας – ο Aivazovsky έγραψε τουλάχιστον δέκα φορές. Πρώτα παρουσίασε την καταγωγή του Νώε από την Αραράτ στο Παρίσι, και όταν οι συμπατριώτες του εκεί τον ρώτησαν αν είχε αρμενικό είδος, τους έφερε στη φωτογραφία και είπε: «Εδώ είναι η Αρμενία μας».
Στη συνέχεια, ο Aivazovsky παρουσίασε τον καμβά στο σχολείο Novakhichevan. Κατά τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου, το σχολείο μετατράπηκε σε στρατώνες, ο οποίος εναλλάσσεται εναντίον του λευκού και του κόκκινου. Η εικόνα κάλυψε το κενό στην πόρτα. Μόλις το χάσμα επιδιορθώθηκε από το ταμπλό και η εικόνα εξαφανίστηκε. Ο απαγωγέας ήταν ο Martiros Sarian, ο οποίος κάποτε είχε σπουδάσει σε αυτό το σχολείο. Το 1921, ανάμεσα στα έργα της αρμενικής τέχνης που συνέλεξε, έφερε την Κάθοδο του Νώε στο Ερεβάν.
Ανάμεσα στους πίνακες με μια ιστορική πλοκή είναι ο πίνακας «Το βάπτισμα των Αρμενίων», ο οποίος κάποτε κοσμεί μια από τις θεοδοσιακές αρμενικές εκκλησίες και προκάλεσε πατριωτικά συναισθήματα στους ενορίτες.
Η πλοκή για την εικόνα Το βάπτισμα του Αρμενικού λαού χρησίμευσε ως σημείο καμπής στην ιστορία του αρμενικού πολιτισμού. Η ακμή της διευκολύνθηκε από την υιοθέτηση του Χριστιανισμού από τους Αρμένιους. Στις αρχές του 4ου αιώνα, αυτή η θρησκεία νομιμοποιήθηκε στην Αρμενία ως κρατική θρησκεία. Η Αρμενία, επομένως, είναι σήμερα ένα από τα παλαιότερα χριστιανικά κράτη.