Ο νεαρός απόστολος Ιωάννης απεικονίζεται στο νησί της Πάτμου, όπου στάλθηκε από τον αυτοκράτορα Δομιτιανό, και όπου δημιούργησε την Αποκάλυψή του – πιθανώς αυτό το βιβλίο βρίσκεται στην αγκαλιά του. Το μαλακό βλέμμα του είναι στερεωμένο σε ένα όραμα που του παρουσίασε: «μια γυναίκα ντυμένη στον ήλιο, κάτω από τα πόδια της το φεγγάρι…». Η εμφάνισή της υποδεικνύεται στον Τζον από έναν άγγελο του οποίου η λεπτή μορφή και τα ημιδιαφανή φτερά δεν φαίνονται πολύ πιο υλικά από το φάντασμα, θολό πανόραμα μιας ολλανδικής πόλης στον ορίζοντα.
Ο Bosch, ίσως, υπό την επήρεια των προκατόχων του, που στράφηκαν σε αυτήν την ιστορία, αυτή τη φορά αρνήθηκε την εικόνα του δαμάσκηνου του δαίμονα που είναι τόσο αγαπητή σε αυτόν, και ακόμη και τα καύσιμα πλοία και το μικρό τέρας στα δεξιά, εμπνευσμένα από τις εικόνες της Αποκάλυψης, που εμφανίζονται κάτω αριστερά, δεν μπορούν να παραβιάσουν σοβαρά αυτό το ειδυλλιακό σκηνικό στο οποίο ο Ιωάννης χαίρεται για την εμφάνιση της Παναγίας «σε δόξα».
Το τέρας που απεικονίζεται από τον Bosch στην κάτω δεξιά γωνία της εικόνας εμπίπτει εντελώς στη βιβλική περιγραφή των ακρίδων που έδωσε ο Ιωάννης ο Θεολόγος.
Ωστόσο, ένα ταπεινό κακό παίρνει εκδίκηση στην πλάτη, στην εξωτερική πλευρά του σκάφους, όπου η ροή των δαιμόνων και των τεράτων, γραμμένη με την τεχνική grisaille, φωσφορίζοντας σαν ψάρια βαθέων υδάτων, χύνεται σε διπλό κύκλο με διάμετρο 39 cm. Στον εσωτερικό κύκλο, η εικόνα του Γολγοθά επαναλαμβάνεται, συμβολικά επισημαίνεται ως βράχος, στην κορυφή του οποίου ένας πελεκάνος έκανε τη φωλιά του.
Αυτό το πουλί, σύμφωνα με τη δημοφιλή πεποίθηση, η σίτιση των νεοσσών με αίμα, ξυλοδαρμό από το στήθος του, είναι ένα παραδοσιακό σύμβολο της θυσίας του Χριστού. Ήταν πολύ κατάλληλο να τοποθετήσουμε τον πελεκάνο στο καπάκι του αφιερωμένου στον αγαπημένο μαθητή του Χριστού Ιωάννη, ο οποίος, σύμφωνα με τον Ντάντε, «στηρίχθηκε το κεφάλι στο στήθος του Θεού Πελεκάνος».
Υποτίθεται ότι ο «Άγιος Ιωάννης στην Πάτμο» ήταν μια πλευρική πτέρυγα του χαμένου τρίπτυχου, κρίνοντας από την κατεύθυνση του βλέμματος του Ιωάννη – δεξιά.