Οι τοιχογραφίες που κοσμούν την εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου στην Ασίζη είναι ένα άλλο έντονο πρόβλημα του «jiotto». Η ανέγερση αυτής της εκκλησίας ξεκίνησε το 1228, αμέσως μετά την εξόρμηση του Αγίου Φραγκίσκου, ο οποίος πέθανε το 1226. Μεταξύ 1260 και 1320, τοιχογραφίες που δημιουργήθηκαν από κορυφαίους καλλιτέχνες της εποχής εμφανίστηκαν στην εκκλησία.
Ωστόσο, καμία από αυτές δεν έχει τεκμηριωθεί. Ορισμένες πηγές των αιώνων XIV-XV αναφέρουν ότι ο Giotto εργάστηκε στην Ασίζη. Βρίσκουμε ακόμη μια άλλη ένδειξη αυτού του γεγονότος στις Βιογραφίες του D. Vasari. Έτσι, γράφει ότι ο Giotto ζωγράφισε μια σειρά από επιφανείς τοιχογραφίες στην Άνω Εκκλησία του San Francesco.
Δύο τοιχογραφίες αυτής της σειράς εμφανίζονται εδώ – στιγματισμός του Αγίου Φραγκίσκου και θαυματουργή ανακάλυψη της πηγής. Ο Vasari σημειώνει επίσης ότι ο Giotto έφτασε στην Ασίζη μετά από πρόσκληση του Giovanni da Murovrilla, ο οποίος κυβέρνησε την πόλη από το 1296 έως το 1304. Έτσι, καθιερώνεται η χρονολόγηση αυτών των έργων. Μέχρι το τέλος του 19ου αιώνα, αυτές οι πληροφορίες θεωρούνταν απολύτως αξιόπιστες. Στη συνέχεια προέκυψαν οι ερωτήσεις.
Συγκεκριμένα: είναι όλες οι τοιχογραφίες ζωγραφισμένες με το ίδιο χέρι; Μερικοί μελετητές υποστήριξαν ότι η σειρά τοιχογραφιών σχεδιάστηκε μόνο από τον Giotto, αλλά άγνωστο σε εμάς ήταν η ιδέα του. Άλλοι κριτικοί της τέχνης γενικά αρνούνται τη συμμετοχή του Giotto στη δημιουργία αυτών των τοιχογραφιών, υποκινώντας την άποψή τους από το γεγονός ότι οι τοιχογραφίες στην Ασίζη είναι στυλιστικά πολύ διαφορετικές από τις τοιχογραφίες που έχουν ζωγραφιστεί για το Giotto del Arena στην Πάδοβα και η εύρεση της Ασίζης λειτουργεί ελαφριά και ατελής. Οι διαφορές συνεχίζονται μέχρι σήμερα.